Geheimnisse spielen in der Erfahrung, in alltäglichen Lebenszusammenhängen (z. B. Beichtgeheimnis, militärische Geheimnisse, Geheimdienste, HerzensGeheimnisse, Briefgeheimnis, das Ausplaudern von Geheimnissen usw. usw.) eine wichtige Rolle; sie liegen in vielfach nicht bewußter Weise zentralen Vorstellungen und Vergemeinschaftungs- und Vergesellschaftsformen zugrunde: Das von Freud beschriebene ödipale Nadelöhr als notwendiges Durchgangsstadium zum Erreichen der erwachsenen Subjektivität rückt die damit verbundenen Geheimnisse, Heimlichkeiten und Verheimlichungen ins Zentrum der Subjektbildung; das von Marx beschriebene "Geheimnisvolle der Warenform" reguliert beispielsweise nach dem Verständnis der Theoretiker/innen in der Tradition der Kritischen Theorie nicht nur die ökonomischen Verhältnisse unter den Menschen, sondern hat weitreichende Bedeutung für alle Bereiche des gesellschaftlichen Lebens. Simmel beschrieb das Geheimnis als strukturierendes Prinzip der gesellschaftlichen Welt.

Die Fortdauer der Geheimnisse widerspricht der Annahme, die Aufklärung habe das Geheimnis aus dem gesellschaftlichen Leben verbannt. Sie steht im Gegensatz zu den Bemühungen der Aufklärer, dem Geheimnis/den Geheimnissen ein Ende zu bereiten. Sie wollten das Geheimnis und das Geheime, das Verborgene und Verhüllte in den Bereich des Wissens holen. Max Weber bezeichnete diesen Prozeß der Aufklärung als "Prozeß der Entzauberung der Welt": Francis Bacon, indem er einen Satz des Königs Salomo zitierte, schloß sich der Auffassung der ersten Aufklärung von der "prinzipiellen Unmöglichkeit des Naturgeheimnisses" (Blumenberg) an: "Der Ruhm des Herrn ist es, seine Werke zu verhüllen, der Ruhm des Königs [hier zu verstehen als: des Menschen als dem König der Schöpfung], sie zu erforschen" (Novum Organon).

In der weiteren Entwicklung konzentrierte sich das Bemühen der Aufklärer auf die Beseitigung der arcana imperii, d.h. auf die Herstellung einer Ordnung der bürgerlichen Gesellschaft und des Staates, in der im Medium einer - rationalen - Öffentlichkeit über die Belange der bürgerlichen Gesellschaft verhandelt werden können sollte. "Öffentlichkeit" wurde im liberaldemokratischen Diskurs ein mit "Freiheit", "Gleichheit", später auch "Gesundheit" und "allgemeiner Menschlichkeit" verbundenes Konzept (Hölscher 1979 und Habermas 1962), das Geheimnis und das Geheime sollten nunmehr in "öffentlichen" Belangen keine Rolle mehr spielen. Dies sollte der überwundenen feudal - absolutistischen Vergangenheit angehören.

Das Geheimnis hätte nun allenfalls seinen Ort in der nun für schutzwürdig gehaltenen Sphäre der "Privatheit", zu der nachaufklärerisch z.B. die Religion und die Familien-, Ehe- und Liebesbeziehungen gerechnet werden. Kant wollte an das "Mysterium der Religion" nicht rühren, und Hegel sah die Frauen innerhalb der Familien als Hüterinnen der Sittlichkeit an, ohne die nun zwar das Gemeinwesen nicht funktionieren würde, die aber ihren Ort in der Familie, d.h. in der Privatsphäre, nicht im Staate haben sollte.

Vielfach verstellt die Gewohnheit, in der praktizierten und geläufigen Entgegensetzung von "öffentlich" und "privat" mit den dazugehörigen Vorstellungen über den Ort des Geheimnisses/der Geheimnisse solche Gesellschaften zu verstehen, in denen weder das Private und das Öffentliche, noch das entsprechende Geheime/die Geheimnisse/das Heimliche so geordnet waren, wie sie es in nachaufklärerischen europäischen Gesellschaften sind. Eine von nachaufklärerischen Denktraditionen geprägte Untersuchung der Gesellschaft und Kultur der Frühen Neuzeit wird deshalb insbesondere den Wandel der Begrifflichkeiten und den zugrundeliegenden Unterschied politischer, sozialer und kultureller Praktiken deutlich ins Bewußtsein heben müsssen.