Der Gebäudekomplex des Collegium Jenense umschließt einen Innenhof, in dem sich die Jenaer Universitätsgeschichte in für Deutschland einzigartiger Weise von der Mitte des 16. Jahrhunderts bis zur Gegenwart exemplarisch entfaltet.

Anlässlich des Universitätsjubiläums wird eine neu konzipierte Dauerausstellung einen Überblick über die Geschichte der Jenaer Universität bieten: Die Anfänge der Universität im 16. Jahrhundert sowie die bauliche Weiterentwicklung der Klostergebäude bis ins 20. Jahrhundert werden am Originalort präsentiert. Der Besucher kann hier die historischen Baustufen und die wechselnde wissenschaftliche Nutzung der Gebäudeteile durch vier Fakultäten erleben.

Zu sehen sind daneben bedeutsame Dokumente, Gemälde und Modelle, die – wie Degen und Waschgeschirr – das studentische und universitäre Leben erfahrbar machen.