Die Theresienstädter Studien und Dokumente sehen ihr Schwerpunkt in der Geschichte des Theresienstädter Ghettos, des Schicksal der Juden auf dem Gebiet der Tschechoslowakei während der Okkupation, sowohl vor der Errichtung Theresienstadts als auch in den Orten, wohin sie deportiert wurden. Dabei werden auch andere verwandte Themen berücksichtigt.